Младший научный сотрудник Владислав Останькович вместе с представителями Дании и Китая решал задачи классификации и сегментации клеточных протеинов с помощью нейронных сетей на платформе Kaggle. Команда с российским учёным стала второй из 757 участвовавших. Первое место в конкурсе присудили учёному из Китая.
Kaggle — всемирная платформа для соревнований по машинному обучению, где задания неизвестны заранее. Участникам предоставили набор снимков клеток под микроскопом, к которым прилагалась грубая информация о классах клеток, присутствующих на них. Задача — сегментировать каждую клетку на снимке и присвоить ей собственный класс или несколько классов.
Конкурс длился три месяца — с февраля по май. Согласно регламенту в командах могут участвовать команды до 5 человек. Сотрудник российского ИТ-вуза начинал решать задачу в одиночку, затем он объединился с российским участником из Дании, который работает биоинженером в компании по производству инсулина. Ближе к концу к команде добавились два китайских участника.
«Подобную задачу никто раньше не решал и подобные соревнования не проводились. О сложности и интересе задачи говорят все участники от новичков до грандмастеров и самих организаторов, — отметил Владислав Останькович. — Я люблю участвовать в соревнованиях, где решается нестандартная задача, и всегда выбираю то, что посложнее, чтобы в первую очередь набраться нового опыта из новой области. Было очень сложно. Всё время шла постоянная борьба за топ-10 — это золото. Постоянно что-то приходилось придумывать, чтобы обойти других. Часто многое не получалось, но, в итоге перепробовав множество различных подходов, мы смогли собрать рабочее решение, которое привело нас ко второму месту».
Также Владислав Останькович получил звание kaggle-master. Благодаря второму месту, которое считается золотом, он вошёл в топ-250 среди 160 тысяч других участников.
Соревнование по классификации клеток организовала команда Human Protein Atlas, которая занимается созданием онлайн-библиотеки со всеми разновидностями клеток живых организмов. Результаты лучших команд организаторы включат в публикацию в журнале Nature Methods.
Владислав Останькович: «Как заявляют организаторы, решение этой проблемы приведёт к революции в одноклеточной биологии. Это важно для биологов, которым очень затратно и долго приходится рассматривать всё под микроскопом и вручную отслеживать нахождение протеина внутри клетки. Мы же автоматизируем этот процесс, плюс зачастую нейронные сети справляются лучше человеческого глаза. Так что есть вероятность, что наши решения помогут выявить в клетках что-то, что человеку не под силу».
